Pierwsze informacje dotyczące powstania Polskiego Towarzystwa Anatomicznego sięgają roku 1923. Z inicjatywy lekarzy oraz przyrodników warszawskich (m. in. Edwarda Lotha, Jana Tura i Mieczysława Konopackiego i Leona Kryńskiego) w roku 1923 powstało Towarzystwo Anatomiczne Warszawskie. W roku 1925 na Zjeździe Lekarzy i Przyrodników Polskich zrzeszono wszystkich anatomów i zoologów polskich i ustalono, że pierwszy Zjazd tego towarzystwa naukowego odbędzie się w Warszawie od 30.10 - 1.11.1926 roku.

Podczas obrad I Zjazdu zatwierdzono statut i nazwę towarzystwa - Polskie Towarzystwo Anatomiczno - Zoologiczne. Prezesem tego Towarzystwa został prof. Henryk Hoyer z Krakowa.

II Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomiczno- Zoologicznego odbył się w Wilnie w roku 1929. Ważnym wydarzeniem na tym Zjeździe było postanowienie wydania własnego pisma pt.: "Folia Morphologica". Pierwszy numer tego czasopisma wydano 15 marca 1929 roku, a Redaktorem Generalnym wybrano wybitnego anatoma i antropologa Edwarda Lotha.

III Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomiczno - Zoologicznego odbył się w Warszawie w 1931 roku, wspólnie z Kongresem Assotiation des Anatomists . W Zjeździe tym uczestniczyli anatomowie i przedstawiciele innych nauk morfologicznych z całego świata (Hiszpanii, Japonii, Portugalii, Włoch, Stanów Zjednoczonych, Belgii, Bułgarii i Francji). Polskę reprezentowało 105 anatomów i zoologów.

IV Zjazd PTAZ miał miejsce w Poznaniu we wrześniu 1933 roku. Na V Zjeździe PTAZ w Krakowie w 1935 roku od Towarzystwa odłączyli się zoologowie, którzy utworzyli własne Towarzystwo, natomiast anatomowie utworzyli Polskie Towarzystwo Anatomiczne i zorganizowali kolejny Zjazd PTA, który był ostatnim Zajazdem przedwojennym.

W okresie powojennym wraz z rozpoczęciem działalności uniwersyteckiej zaczęły wznawiać swoją działalność towarzystwa naukowe. Pierwszy powojenny VII Zjazd PTA odbył się w 1948 roku w Łodzi. W tym okresie powołane zostały regionalne oddziały PTA w Gdańsku, Krakowie, Lublinie, Łodzi, Poznaniu, Rokitnicy, Szczecinie, Warszawie i Wrocławiu.
Wznowiono również redagowanie czasopisma Folia Morphologica, którego redaktorem został prof. Julian Zweibaum. W ramach PTA zostały powołane następujące Sekcje: Histologiczno-Embriologiczna, Antropologiczna i Anatomopatologiczna oraz Komisja ds. Mianownictwa Anatomicznego. Kolejne zjazdy, VIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomicznego w 1951 roku w Krakowie oraz IX Zjazd PTA w 1954 roku w Białymstoku przedstawiły kierunki działalności naukowej morfologów polskich oraz nowe metody unowocześniające dydaktykę anatomii i histologii.
Podczas Zjazdu w Białymstoku nastąpiło odłączenie się Sekcji Antropologicznej od PTA i powstało samodzielne Towarzystwo Antropologiczne.
Natomiast podczas X Zjazdu PTA w Szczecinie w 1957r. z Polskiego Towarzystwa Anatomicznego wyodrębniła się Sekcja Histochemiczna.
Kolejny XI Zjazd PTA miał miejsce w Krakowie w 1957 roku. Podczas XII Zjazdu PTA w Lublinie w 1961 roku powstało Towarzystwo Histochemiczne na bazie już istniejącej Sekcji Histochemicznej. Pomimo wyodrębnienia się poszczególnych Towarzystw z PTA (Antropologiczne, Histochemiczne), kolejne zjazdy organizowane są często łącznie z udziałem tych Towarzystw, np. XIII Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomicznego w Gdańsku w 1964 r., XIV Zjazd PTA w Katowicach - Zabrzu - Rokitnicy w 1967r.
XV Zjazd PTA odbył się w Poznaniu w 1971 roku, następny XVI Zjazd PTA we Wrocławiu w 1974, kolejny XVII Zjazd PTA miał miejsce w Białymstoku w 1977r.

Anatomowie polscy nawiązywali liczne kontakty w Towarzystwami zagranicznymi, czego efektem były prezentacje zagraniczne podczas kolejnych Zjazdów PTA: XVIII Zjazdu PTA w Krakowie w 1980r., XIX Zjazdu PTA w Poznaniu w 1983r., XX Zjazdu PTA w Warszawie w 1986 r., XXI Zjazdu PTA w Kozubniku w 1989r., XXII Zjazdu PTA w Olsztynie 1993r oraz XXIII Zjazdu PTA w Gdańsku w 1996r.

Owocem współpracy z towarzystwami zagranicznymi był wspólny Kongres Polskiego i Niemieckiego Towarzystwa Anatomicznego zorganizowany w 1997r. w Olsztynie. XXIV Zjazd PTA odbył się w Łodzi 1999 roku wspólnie ze Zjazdem Towarzystwa Cysto i Histochemików. W Zjeździe tym uczestniczyło wielu gości zagranicznych. W tym okresie pomiędzy zjazdami odbywają się liczne sympozja dotyczące nauczania anatomii mające na celu udoskonalenie programów nauczania oraz dotyczące anatomii klinicznej.
W Gdańsku i Łodzi powstały pierwsze Zakłady Anatomii Klinicznej. Bardzo aktywną działalność naukową i dydaktyczną prowadzili w tym czasie członkowie Polskiego Towarzystwa Anatomicznego zajmujący się medycyną weterynaryjną i anatomią zwierząt. Kolejne Zjazdy PTA odbyły się we Wrocławiu (XXV Zjazd PTA w 2001r.), w Lublinie (XXVI Zjazd PTA w 2003r.), w Kielcach (XXVII Zjazd PTA w 2005r.).

Ostatni 28 Zjazd Polskiego Towarzystwa Anatomicznego oraz 42 Sympozjum Cyto i Histochemików odbyły się razem i miały miejsce we wrześniu 2007 roku w Poznaniu.

Efekty działalności naukowej Członków PTA publikowane są w dwóch czasopismach ukazujących się pod Patronatem PTA . Jednym z nich jest Folia Morphologica, która wydawana jest od 1929r. (z przerwą wojenną) do dania dzisiejszego, drugim są Postępy Biologii Komórki, które ukazuje się od 1961 roku do dzisiaj.

Prezesami Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Anatomicznego byli kolejno:

Prof. Henryk Hoyer,

Prof. Ludwik Paszkiewicz,

Prof. Witold Sylwanowicz,

Prof. Kazimierz Krysiak,

Prof. Bronisława Konopacka,

Prof. Mieczysław Stelmasiak,

Prof. Stanisław Olgierd Narkiewicz,

Prof. Ryszard Aleksandrowicz,

Prof. Witold Woźniak,

Prof. Stanisław Szteyn,

Prof. Kazimierz Jędrzejewski,

Prof. Małgorzata Bruska.